Σαν σήμερα το 2001 ο Χριστόδουλος ανακοίνωνε: 3.500.000 πολίτες θέλουν την αναγραφή του θρησκεύματος στις ταυτότητες
Οι δημόσιες δηλώσεις του οδήγησαν επανειλημμένα σε δημόσιες αντιπαραθέσεις όπου εμπλέκονταν και τα ΜΜΕ. Στελέχη της αριστεράς, και άλλοι εκπρόσωποι της πολιτικής ζωής, συχνά εναντιώνονταν δημόσια στις εκάστοτε δηλώσεις του Αρχιεπισκόπου. Την παραίτηση του αρχιεπισκόπου Χριστόδουλου είχε ζητήσει ο πρόεδρος του Συνασπισμού, Αλέκος Αλαβάνος, εξαιτίας κειμένου που αποκαλούσε «νέους Διοκλητιανούς» όσους ζητούν χωρισμό κράτους-Εκκλησίας, δηλώνοντας ότι «χρησιμοποιεί το θρησκευτικό συναίσθημα για να διχάσει τον λαό σε πιστούς και σε άπιστους».
Στις 20/9/2004 ο τότε Πρόεδρος της Δημοκρατίας Κωστής Στεφανόπουλος απάντησε στον αρχιεπίσκοπο Χριστόδουλο για το θέμα της επιστροφής στις ρίζες: «Δεν θα ήθελα να συμφωνήσω μαζί σας εις την επιστροφή στις ρίζες. Οι ρίζες πρέπει να υπάρχουν για να δίνουν νέα τροφή στα κλαδιά, τα οποία διαρκώς μεγαλώνουν και καλύπτουν υπό τη σκιά τους μεγαλύτερο αριθμό ανθρώπων και ενεργειών».
Υπόθεση αναγραφής θρησκεύματος στις ταυτότητες
Το πρόσωπο του Αρχιεπισκόπου συνδέθηκε άμεσα με μία μεγάλη σύγκρουση μεταξύ Εκκλησίας και Πολιτείας, που ξέσπασε το 2000, σε σχέση με την αναγραφή του θρησκεύματος στις ελληνικές αστυνομικές ταυτότητες. Στις 8 Μαΐου 2000, ο Υπουργός Δικαιοσύνης Μιχάλης Σταθόπουλος σε συνέντευξη στην εφημερίδα Έθνος δήλωσε ότι η αναγραφή του θρησκεύματος στις αστυνομικές ταυτότητες είναι αντίθετη με το νόμο 2472/1997 για την προστασία των προσώπων από την επεξεργασία προσωπικών δεδομένων. Στις 16 Μαΐου 2000, η Αρχή Προστασίας Προσωπικών Δεδομένων έκρινε με απόφασή της πως το θρήσκευμα πρέπει να απαλειφθεί από τις ταυτότητες. Ο Αρχιεπίσκοπος Χριστόδουλος αντιτάχθηκε σθεναρά στην απόφαση, ισχυριζόμενος ότι η απόφαση προστάχθηκε «από νεο-διανοούμενους που θέλουν να μας επιτεθούν σα σκυλιά και να μας κόψουν τις σάρκες».
Το όλο ζήτημα τελικά έλαβε διχαστικό χαρακτήρα καθώς η Εκκλησία παρουσιάστηκε ανυποχώρητη στο αίτημά της, και προκάλεσε την ανταλλαγή βαρέων φράσεων και χαρακτηρισμών, τη στιγμή που ήταν προβλέψιμο ότι η ελληνική έννομη τάξη καθώς και η πάγια νομολογία του ΕΔΑΔ δεν επέτρεπαν το αίτημα της Εκκλησίας.
Ο πρωθυπουργός Κωνσταντίνος Σημίτης απαντώντας σε ερώτηση στη Βουλή στις 24 Μαΐου δήλωσε αντίθετος με την αναγραφή του θρησκεύματος. Το ζήτημα έλαβε διαστάσεις και η Ιερά Σύνοδος διοργάνωσε δύο μαζικά συλλαλητήρια, στη Θεσσαλονίκη στις 14 Ιουνίου και στην Αθήνα στις 21 Ιουνίου. Η Εκκλησία αποφάσισε επίσης τη συλλογή υπογραφών αιτούμενη τη διενέργεια δημοψηφίσματος για το θέμα, καλώντας στην ενεργοποίηση του άρθρου 44 του Συντάγματος περί διενέργειας δημοψηφισμάτων και ξεκίνησε στις 14 Σεπτεμβρίου 2000.
Μετά από έναν περίπου χρόνο, στις 29 Αυγούστου 2001 ο Αρχιεπίσκοπος παρέδωσε τις περίπου 3,5 εκατομμύρια υπογραφές, κατά τα στοιχεία της Εκκλησίας, στον Πρόεδρο της Ελληνικής Δημοκρατίας Κωνσταντίνο Στεφανόπουλο, ο οποίος δεν έκανε δεκτό το αίτημα για δημοψήφισμα. Ο Προέδρος της Δημοκρατίας, στηρίζοντας την απόφαση της Κυβέρνησης Σημίτη, απάντησε στον Αρχιεπίσκοπο πως δεν συντρέχουν οι προϋποθέσεις για τη διεξαγωγή δημοψηφίσματος για το θέμα των ταυτοτήτων και οι πάντες έχουν υποχρέωση συμμορφώσεως προς τους κανόνες του ισχύοντος δικαίου. Η αναγραφή του θρησκεύματος στις αστυνομικές ταυτότητες, ακόμα και σε εθελοντική βάση, όπως ζήτησε τελικά ο Αρχιεπίσκοπος, κρίθηκε αντισυνταγματική από τα ελληνικά δικαστήρια.
Ο τότε αρχηγός της αξιωματικής αντιπολίτευσης Κώστας Καραμανλής είχε υπογράψει και αυτός κατά τη συλλογή υπογραφών από την Εκκλησία, όμως όταν λίγα χρόνια αργότερα κέρδισε τις εκλογές η Νέα Δημοκρατία και ο ίδιος έγινε πρωθυπουργός δεν άνοιξε ποτέ ξανά το θέμα, παρά τη θέση του και τη δέσμευσή του υπέρ της διεξαγωγής εθνικού δημοψηφίσματος καθώς η κυβέρνηση Καραμανλή δεσμευόταν από τις αποφάσεις της ελληνικής διοικητικής δικαιοσύνης.
Μετά από έναν περίπου χρόνο, στις 29 Αυγούστου 2001 ο Αρχιεπίσκοπος παρέδωσε τις περίπου 3,5 εκατομμύρια υπογραφές, κατά τα στοιχεία της Εκκλησίας, στον Πρόεδρο της Ελληνικής Δημοκρατίας Κωνσταντίνο Στεφανόπουλο, ο οποίος δεν έκανε δεκτό το αίτημα για δημοψήφισμα. Ο Προέδρος της Δημοκρατίας, στηρίζοντας την απόφαση της Κυβέρνησης Σημίτη, απάντησε στον Αρχιεπίσκοπο πως δεν συντρέχουν οι προϋποθέσεις για τη διεξαγωγή δημοψηφίσματος για το θέμα των ταυτοτήτων και οι πάντες έχουν υποχρέωση συμμορφώσεως προς τους κανόνες του ισχύοντος δικαίου. Η αναγραφή του θρησκεύματος στις αστυνομικές ταυτότητες, ακόμα και σε εθελοντική βάση, όπως ζήτησε τελικά ο Αρχιεπίσκοπος, κρίθηκε αντισυνταγματική από τα ελληνικά δικαστήρια.
Ο τότε αρχηγός της αξιωματικής αντιπολίτευσης Κώστας Καραμανλής είχε υπογράψει και αυτός κατά τη συλλογή υπογραφών από την Εκκλησία, όμως όταν λίγα χρόνια αργότερα κέρδισε τις εκλογές η Νέα Δημοκρατία και ο ίδιος έγινε πρωθυπουργός δεν άνοιξε ποτέ ξανά το θέμα, παρά τη θέση του και τη δέσμευσή του υπέρ της διεξαγωγής εθνικού δημοψηφίσματος καθώς η κυβέρνηση Καραμανλή δεσμευόταν από τις αποφάσεις της ελληνικής διοικητικής δικαιοσύνης.
